Nach der Auswahl der Wuchsform (Farn, Gras, Baum oder Blume) benötigt die App einige Fotos. Bei Bäumen etwa vom Blatt, der Frucht und der Rinde, bei Blumen von Blüte, dem Blatt und der gesamten Pflanze. Nicht vorhandene oder schwer zu fotografierende Pflanzenteile lassen sich überspringen.

Nach kurzer Bedenkzeit – und häufig bereits nach dem ersten Schnappschuss – präsentiert Flora Incognita das wahrscheinlichste Gewächs und verweist auf dessen Steckbrief. Im Test war die Trefferquote beim Spaziergang durch ein Wildgehege beeindruckend. Fundstücke lassen sich zu einer Liste hinzufügen. Nicht identifizierte Arten darf man als Unbekannte vorschlagen.