Als Erster unter den Microvans fährt der kompakte Agila ab sofort serienmäßig mit aktiven Kopfstützen an den Vordersitzen sowie Seitenairbags für Fahrer und Beifahrer vor. Diese neuen Ausstattungsdetails ergänzen das bisherige Sicherheitspaket, zu dem unter anderem Frontairbags für Fahrer und Beifahrer, Gurtstraffer, Gurtkraftbegrenzern vorne und so genannte entkoppelnde Pedale (Pedal Release System) gehören, die bei einem schweren Frontalaufprall das Risiko von Fuß- und Unterschenkel-Verletzungen des Fahrers reduzieren.

Die jetzt serienmäßigen aktiven Kopfstützen an den Vordersitzen verringern bei einem Heckaufprall die Gefahr eines Schleudertraumas. Das System arbeitet mechanisch und wird durch den bei einer Heckkollision an die Lehne gepressten Oberkörper der Front-Passagiere aktiviert. Dabei bewegt sich die Kopfstütze dank einem im Sitz integrierten Hebelsystem nach oben sowie nach vorne und verkürzt so den Abstand zwischen Kopf und Stütze. Deshalb wird der Kopf in der Rückwärtsbewegung früher abgefangen, die Belastung der Halswirbelsäule reduziert sich somit deutlich.