Für die ICE-Strecke von München nach Berlin gilt weiterhin die Umleitung über Stendal. Die InterCity Züge zwischen Köln und Leipzig fahren nur bis Magdeburg, und Interregios werden über Hannover, Göttingen und Halle umgeleitet.

Weitgehend störungsfrei fahren die Züge von Dresden in Richtung Berlin und Ostsachsen. Auf der Strecke zwischen Dresden und Leipzig sowie Dresden-Chemnitz kommt es allerdings weiterhin zu Schwierigkeiten: Der Verkehr bleibt unterbrochen. Die Bahn hat als Ersatz für die ausfallenden Züge Busse bereitgestellt.

Veränderungen im Fahrplan gibt es auch auf der Strecke München-Leipzig-Berlin-Hamburg: Aus Richtung Süden fahren die ICE-Züge nur bis Leipzig, aus Norden nur bis Berlin. Die ICE-Züge zwischen Nürnberg und Dresden fahren nur im Abschnitt Nürnberg-Chemnitz. Der Eurocity Hamburg-Dresden-Budapest dreht in Berlin und in Prag.

Auch im Interregio-Verkehr kommt es zu zahlreichen Behinderungen: Entlang der Elbe in Sachsen-Anhalt und Sachsen, im Erzgebirge und im Großraum Dresden sind zahlreiche Regionalverbindungen durch das Hochwasser unterbrochen.

Am Dresdener Hauptbahnhof geht weiter alles drunter und drüber: "Hier ist alles abgesoffen, was absaufen kann", meint Oliver Marx, der Leiter des Reisezentrums am Dresdener Hauptbahnhof. Weder Fahrkartenautomaten, Computer oder Faxgeräte funktionieren hier.

Am Bahnhof Dresden-Neustadt hat die Bahn einen Shuttle-Service eingerichtet: Von morgens 6 Uhr fahren Busse nach Leipzig, Riesa und Chemnitz. Die Bahn hofft auf die baldige Freigabe der Marienbrücke, so dass die Strecke von Dresden-Neustadt zum Hauptbahnhof Dresden wieder befahrbar ist. Insgesamt sieben Brücken mussten zwischen dem an der deutsch-tschechischen Grenze gelegenen Bad Schandau und Magdeburg für den Zugverkehr gesperrt werden.

Nicht überall können wegen überfluteter und zerstörter Straßen Busse fahren. Auf Grund des Shuttle-Verkehrs kommt es zu weiteren Verspätungen: Die Reisenden erreichen teilweise ihre Anschlusszüge nicht.