Beim umstrittenen Kauf der österreichischen Skandalbank Hypo Group Alpe Adria (HGAA) durch die BayernLB 2007 spielte auch der frühere bayerische Ministerpräsident Edmund Stoiber eine wichtige Rolle. So war Stoiber im August 2007 nach Kroatien zum dortigen Premier Ivo Sanader gereist. Zuvor hatte die kroatische Nationalbank ihre Zustimmung zum Verkauf der HGAA an die Landesbank verweigert. Damit wäre der schon beinahe besiegelte Übergang an die Bayern noch geplatzt. Denn laut Kaufbedingungen mussten alle Länder den Pakt genehmigen, in denen die HGAA aktiv war, also auch Kroatien. Nach Stoibers Besuch bei Sanader erfolgte in Kroatien ein Sinneswandel. Am 12. September 2007 erteilte die Nationalbank ihre Zustimmung. Gegenüber dem SPIEGEL erklärte Stoiber, er habe damals zwar seine "guten politischen Beziehungen zu Kroatien" spielen lassen. Allerdings sei die Einigung zwischen der BayernLB und der kroatischen Nationalbank schon vor seinem Besuch gefallen. Am Kaufvertrag zwischen der BayernLB und der HGAA sei er nicht beteiligt gewesen.