Bei der Einschätzung des thüringischen Neonazi-Trios hat offenbar auch die Justiz schwere Fehler gemacht. So war die Staatsanwaltschaft Gera 1998 nach einer Prüfung zu dem Ergebnis gekommen, dass es sich bei den untergetauchten Rechtsextremisten Uwe Böhnhardt, Uwe Mundlos und Beate Zschäpe nur um "ein loses Geflecht von Einzeltätern" handle, die "Straftaten weder für noch im Namen bestimmter Gruppierungen oder gar einer eigens gegründeten Gruppierung" begingen. Die Ermittlungsbehörde sah keinen Anlass, ein Verfahren wegen "Bildung einer terroristischen Vereinigung" einzuleiten. Am 4. März 1999 übermittelte das Bundeskriminalamt diese Einschätzung auch an die Bundesanwaltschaft, die sich der Bewertung aus Gera anschloss und ebenfalls keinen Anlass sah, die Ermittlungen wegen Terrorverdachts an sich zu ziehen.

Der Parlamentarische Geschäftsführer der SPD-Fraktion im Bundestag, Thomas Oppermann, sieht darin ein eklatantes Versagen. "Der Staat hat den Rechtsextremismus fundamental unterschätzt", so Oppermann. "Mit einer solchen Haltung kann man nicht erkennen, was man sieht." Dabei hatten die Sicherheitsbehörden bereits 1998 konkrete Hinweise darauf, dass sich das thüringische Trio im Untergrund bewaffnen wollte. So schickte der Brandenburger Verfassungsschutz im September 1998 mehrere Meldungen nach Sachsen, Thüringen und an das Bundesamt für Verfassungsschutz, wonach der V-Mann "Piato" berichtet habe, dass ein sächsischer Neonazi gerade dabei sei, Waffen für Böhnhardt, Mundlos und Zschäpe zu beschaffen. Mit den Waffen habe das Trio "weitere Überfälle" begehen wollen; zudem hätte man erwogen, sich mit "geliehenen" Pässen abzusetzen. Unterdessen werden neue Ermittlungsdetails bekannt: So ist es den Fahndern gelungen, eine zweite DVD des "Nationalsozialistischen Untergrunds" in Teilen lesbar zu machen, die in den Trümmern von Zwickau gefunden worden und mit "Fortsetzung" betitelt war. Der Datenträger enthält aber offenbar keine neuen Bekenntnisse, sondern lediglich Mitschnitte von TV-Sendungen, die über die Mordserie an neun Einwanderern berichtet hatten.