Bei der Vernichtung von Daten und Akten unmittelbar nach der Bundestagswahl 1998 wurde in der Chefetage des Kanzleramtes von Helmut Kohl besonders gründlich aufgeräumt. Wie das Nachrichten-Magazin DER SPIEGEL berichtet, stellte der Sonderermittler Burkhard Hirsch fest, dass in der Leitungsebene des Amtes auch solche Unterlagen verschwanden, die für den laufenden Parteispenden-Untersuchungsausschusses von Bedeutung wären.

Wie das Blatt weiter schreibt, kommt der als vertraulich eingestufte Untersuchungsbericht zu dem Ergebnis, dass noch am Tag des Einzugs von Gerhard Schröder ins Kanzleramt die elektronische Registratur der Amtsspitze "vollständig auf Null zurückgeführt" wurde. Dabei sei auch der eigentlich für dieses System zuständige Registrator umgangen worden.

Laut SPIEGEL konnten Hirschs Experten mit Hilfe von aufgefundenen Sicherungskopien Teile der Registratur des früheren Kanzleramtsministers Friedrich Bohl wieder lesbar machen. Diese sei als "Codename: Material wichtig" bezeichnet gewesen. Die hier verzeichneten Akten selbst sind laut Untersuchungsbericht alle verschwunden. Eine Auflistung aus dieser Datei gehört zu den Unterlagen, die das Kanzleramt mittlerweile der Bonner Staatsanwaltschaft zugeleitet hat. Mit ihr, so der SPIEGEL, lässt sich jetzt teilweise nachvollziehen, welche Akten in der Chefetage des Kanzleramtes vor der Säuberungsaktion existierten.